A legnagyobb csapást az állami egyetemek autonómiájára a 2013-as negyedik Alaptörvény-módosítás után bevezetett kancellári rendszer okozta. Nemcsak hogy nincs a szenátusoknak, rektoroknak semmi beleszólásuk abba, kiket választ ki a miniszter (és nevez ki a kormányfő), ami miatt a kancellár és hivatala gyakorlatilag idegen test lett az egyetem szervezetében, de olyan jogosítványokkal ruházták fel, amelyekkel munkajogi szempontból tulajdonképpen kettévágták az intézményeket, mert a rektor alá csak az oktatók és kutatók tartoznak, míg mindenki más fölött a kancellár rendelkezik.